El retablo fue diseñado por Juan de Herrera; hay frescos de Lucas Jordán y Cambiasso, y estatuas orantes, en torno al altar, de Carlos I y Felipe II, de Pompeyo Leoni.

Según se mira el altar, a la izquierda se halla Carlos I, arrodillado, junto a su esposa y otros miembros familiares. El conjunto familiar de Felipe II está enfrente.
Esta basílica es el centro del monasterio, y sorprende por su robustez y armonía. En la sacristía tambien hay un interesante cuadro de Claudio Coello.
Desde el exterior, al contemplar el edificio también destaca la iglesia, con su magnífica cúpula central y las dos torres, que se elevan en el interior de la mole cuadrangular del monasterio.

Delante de la Basílica hay un patio sobrio y grandioso: es uno de los dieciséis del edificio. Se llama Patio de los Reyes, porque en él destacan las estatuas de seis reyes de Judea, que adornan la fachada basilical. Se entra a este patio desde la puerta principal(fachada oeste)
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